Pondok Pesantren Panggung bermula dari langgar pampang kecil, yang sering dilanda banjir. Itu terjadi 62 tahun yang lalu di desa Karangwaru Kecamatan Kota Kabupaten Tulungagung. Langgar tersebut didirikan oleh H. Ali, kemudian dikelola oleh Kyai Ibrahim bersama Mbah Kasdi, Mbah Kemis, dan Mbah Muntahar. Namun walaupun kecil, langgar tersebut selalu ramai dengan berbagai aktifitas mulai dari sholat berjama’ah hingga mengaji dipusatkan dilanggar tersebut. Dari kegiatan itulah jama’ah semakin membludak.

Beberapa tahun kemudian, tepatnya tahun 1954 langgar yang belum mempunyai nama itu diberi julukan langgar panggung setelah mengalami perbaikan yang berbentuk ampang tersebut.Dari bentuk itulah kemudian nama PANGGUNG sebagai julukan yang diberikan mesyarakat sekitarnya. Langgar tersebut dibangun oleh Kyai Ibrahim ketika putra beliau (Asrori Ibrahim) sedang menuntut ilmu di Pondok Mojosari Nganjuk selama 20 tahun.Setelah itu sekitar tahun 1958 beliau lulus dari Pondok Mojosari Nganjuk, kepulangannya ketanah kelahiranya langsung membantu ayahnya mengajar dilanggar yang dibantu oleh 10 temanya dari magelang sewaktu mondok di Mojosari Nganjuk, diantaranya: Mahfudz, Bun Hari dan M. Jamil maka sejak itulah lahir Pondok Pesantren Panggung Tulungagung. Disamping itu dari segi pembangunan beliau dibantu oleh H. Abdulloh Syaekhon (Kauman), H. Abdurrohman (Kampung Dalem), H.Masyhuri (Gedangsewu), H. Mackhrus Isnaini (Karangwaru).

Tujuan didirikannya pondok ini adalah untuk menampung anakanak sekitar pondok dan dari daerah lain guna mendapatkan pendidikan Agama dan keterampilan juga untuk mencetak mereka menjadi pemimpin di masyarakat. dimana mereka berdomisili nanti, disamping itu juga memiliki tujuan untuk mengurangi buta huruf yang ada disekitar pondok.Maka didirikanlah lembaga pendidikan agama tingkat Ibtida’iyah. Dengan didirikanya madrasah tersebut mulailah banyak santri yang berdatangan baik dari dalam Tulungagung maupun dari luar Tulungagung. Akibat terus bertambahnya santri, maka gedung madrasah tersebut tidak memadai lagi dan santri yang akan menamatkan pendidikan ditingakat Ibtida’iyah juga dipandang memerlukan tempat sebagai kelanjutan pendidikan yang labih tinggi, maka didirikanlah Madrasah Tsanawiyah pada tahun 1964.

Pondok Pesantren Panggung Tulungagung sebagaimana pondokpondok pada umumnya, makin lama terus mengalami kemajuan, lebihlebih setelah KH. M. Syafi’i Abdurrohman (Adik Ipar KH. Asrori Ibrahim) ikut terjun langsung menangani Pondok Pesantren Panggung ini, terbukti pada tahun 1967 berdiri Madrasah Aliyah.

Keadaan terus berubah dari tahun ketahun, murid yang membajiri Pondok Pesantren Panggung Tulungagung tidak mungkin lagi dibendung, oleh karena itu setiap dua tahun sekali diadakan pembangunan guna meningkatkan kualitas santri Pondok Pesantren Panggung Tulungagung sehingga pada tanggal 17 Pebruari 1992 didirikan sebuah yayasan bernama Yayasan Raden Ja’far Shodiq yang membawahi beberapa lembaga yaitu :Pondok Pesantren Panggung Putra, Pondok Pesantren Panggung Putri, Madrasah Tarbiyatul ’Ulum (MTU), Madrasah Roudlotul Sholihah (sore), Tpq Ash-Shiddiqiyah (sore), Play Group(PG) Islam, Taman Kanak-Kanak (TK) Islam, Sekolah Dasar Islam (SDI) Al-Munawar, Madrasah Tsanawiyah (MTs) Al-Ma’arif, Madrasah Aliyah(MA) Al-Ma’arif, AVISSINA Group, KBIH Ta’awun Haji.